Program pembinaan kemahasiswaan di UNIPA Surabaya mengacu pada peraturan yang ada yaitu PP. 60 Tahun 1999 Tentang Perguruan Tinggi, yang setelah melalui pengkajian, pada dasarnya meliputi pengembangan :
Penalaran dan keilmuan,
Minat dan kegemaran mahasiswa,
Kesejahteraan mahasiswa,
Organisasi mahasiswa,
Bakti sosial mahasiswa.
Prinsip dasar organisasi dan kegiatan oraganisasi kemahasiswa UNIPA Surabaya adalah”Dari Mahasiswa Untuk Mahasiswa dan Oleh Mahasiswa”, artinya ide pengembangan organisasi dan kegiatan organisasi mahasiswa berasal dari mahasiswa, dan manfaatnya juga terutama untuk mahasiswa. Organisasi kemahasiswaan yang ada di UNIPA Surabaya :
Senat Mahasiswa Fakultas (SMF)
Himpunan Mahasiswa Program Studi (Himaprodi)